1991年以前，科研工作基本上是在计划经济体制下进行的，科研项目的来源以国家主管部门下达为主。进入90年代以后，我国的政治经济体制发生了重大变革，社会主义市场经济体制逐步建立，“市场体制”占领了经济建设的各个领域，因而科学研究工作也必须适应新体制的需要，从项目来源、研究方法与手段到成果水平及应用价值都必须做较大的调整，同时也要求研究工作者转变观念，更新知识。根据新形势的要求，这一时期，自然地理研究一方面仍继续开展区域资源综合开发与灾害防治研究，另一方面围绕市场经济的需要，根据国家的安排，重点在城镇土地定级估价和土地资源合理利用等方面开展研究工作。

       区域资源综合开发与自然灾害防治研究方面代表性的课题有：信阳地区优势资源系列开发与支柱产业发展研究，黄河下游水沙资源的农业利用研究，桐柏大别山区自然资源开发利用原理与策略，贫困地区农村资源开发研究，信阳茶叶资源优势与发展研究，河南省农业灾害综合区划，河南省自然灾害的时空分异规律等。城镇土地定级估价与土地资源合理利用研究方面代表性课题主要有：河南省城镇土地分等估价研究，河南省小城镇土地定级估价试点研究，台前县城土地资产量化研究，信阳地区宜茶地资源合理开发利用研究，河南省土地资源结构与持续利用研究，河南省土地生产潜力与人口承载力研究，武陟县跨世纪土地利用总体设计研究等。

       这一时期自然地理学研究的显著特点表现在：一是项目来源主要是社会（生产与管理）应用部门，二是科研周期大大缩短，三是应用性大大增强。